Akihabara@deep nous raconte l'histoire de Page, Box, Akira, Taiko, Daruma, et Izumu, six otakus qui épanchent les petites douleurs de leurs vies sur le site internet appelé "le garde du corps de Yui". A la mort du webmaster Yui, les six otakus, qui sont chacuns des experts dans leur domaine, se regroupent pour former le "Akihabara@deep", un groupe qui se voue a protéger le quartier d'Akihabara (le quartier fétiche des otakus qui rassemble boutiques de mangas, jeux vidéos, figurines....) et à régler les problèmes de ses habitants.